La Unidad de Zoología Marina está situada en el Parc Científic de la Universitat de València en un edificio especialmente diseñado y provisto de instalaciones modernas para la realización de estudios en los campos de la parasitología y la biología de la conservación.
Las instalaciones del Instituto Cavanilles adscritas a la Unidad de Zoología Marina se componen de dos laboratorios equipados con microscopios binoculares y ópticos convencionales, y equipamiento para histología y análisis de imagen, un aula para seminarios que puede acomodar hasta 20 personas y una sala de ordenadores que dispone de cuatro servidores de red. La unidad dispone además de un laboratorio de húmedos, equipado óptimamente para necropsias de animales marinos, incluyendo cetáceos de tamaño medio, y una habitación congelador de 30 m2 y otros congeladores de menor tamaño.
